O Projeto Botos Costeiros é um dos mais antigos projetos do GEMARS. O projeto iniciou em 1991 com o acompanhamento e registro fotográfico das populações de botos dos estuários dos rios Tramandaí e Mampituba, no litoral norte do Rio Grande do Sul.
Os botos, assim como muitas outras espécies de mamíferos marinhos, podem ter seus indivíduos reconhecidos, por meio de fotografias, a partir de marcas naturais (p. ex. pequenos cortes e arranhões) existentes, especialmente, na nadadeira dorsal. O reconhecimento individual de cada boto permite acompanhá-los ao longo do tempo e descobrir importantes informações sobre seu comportamento e modo de vida, incluindo os padrões de deslocamento e grau de associação entre os indivíduos.
Os estudos realizados pelo GEMARS permitiram descobrir, por exemplo, que os botos possuem um alto grau de residência e fidelidade aos estuários da região. Um dos botos, conhecido por Geraldona pelos pescadores artesanais de tarrafa, utiliza regularmente o estuário do rio Tramandaí desde 1991. Atualmente, o GEMARS tem concentrado seus estudos na região do rio Mampituba e áreas costeiras adjacentes.
Os dados obtidos pelo projeto revelam que mais de 20 botos utilizam a região costeira de Torres e Passo de Torres, embora apenas um pequeno número frequente as águas internas do rio Mampituba. Neste local, assim como nos estuários de Tramandaí e Laguna, ocorre uma associação única entre os botos e os pescadores artesanais de tarrafa, conhecida como pesca cooperativa. Devido a singularidade dessa associação e sua importância social e econômica, o projeto visa também a valorização e fortalecimento da pesca artesanal de tarrafa na região.
Vale destacar que a população costeira de botos que utiliza os estuários do sul do Brasil é considerada ameaçada de extinção, constando na Lista Oficial das Espécies da Fauna Silvestre Ameaçada de Extinção do Rio Grande do Sul. As informações obtidas pelo projeto, portanto, buscam também auxiliar na adoção de medidas de manejo que garantam a conservação dos botos em longo prazo na região.